Git の rebase は、デフォルトではマージコミットを削除してしまいます。
マージコミットを残したい場合は、--rebase-mergeオプションをつけて実行しましょう。
git rebase --rebase-merge -i <リベース先>
もしつけ忘れて、そのまま push しちゃったら？
「--rebase-mergeをつけ忘れた！もう 1 回 rebase しなおせ！」と思っても、もう遅いです。
そのブランチからマージコミットは消えているので何度やっても復活しません。
git reflogでリベース前のコミットを見つけ出し、そこから再度 rebase しましょう。